این قطعنامه تحریم‌های اعمال شده بر اشخاص و شرکت‌های ایرانی را گسترش داده است و نیز برای اولین بار از کشورها می‌خواهد تا هواپیماها و کشتی‌های متعلق به ایران را مشروط بر وجود دلایل منطقی مبنی بر وجود مواد ممنوعه و دارای کاربردهای دوگانه بازرسی کنند. قطعنامه همچنین ضمن استقبال از حل مسائل مهم باقی مانده میان ایران و آژانس ‌بر اساس طرح اقدام، در تمایل۱+۵ برای تقویت تلاش‌های دیپلماتیک جهت از سرگیری مذاکرات با ایران برای رسیدن به راه حل مسأله تأکید می‌کند. در مجموع این قطعنامه جنبه تنبیه جدیدی نداشته و شدت قطعنامه‌های قبلی را ندارد.^[۷۰]

جمهوری اسلامی ایران از جمله کشورهایی است که متن اساسنامه آژانس که شامل ۲۳ ماده و یک ضمیمه است را در سال ۱۹۵۸ و همچنین معاهده ان.پی.تی را در سال ۱۹۶۸ پذیرفته است. ایران همچنین توافق نامه پادمان با آژانس بین‌المللی انرژی هسته‌ای را در سال ۱۹۷۴ امضا کرده و از جمله شرکت کنندگان در کنفرانس بازنگری سال ۱۹۹۵ جهت تمدید نامحدود ان.پی.تی نیز بوده است. در کل ایران با انعقاد موافقت نامه‌های فوق و پذیرش اسناد بین‌المللی مرتبط با انرژی هسته‌ای فعالیت‌های هسته‌ای خود را تحت نظارت آژانس قرار داده و تدابیر محافظتی و نظارتی بازرسان آن را به اجرا گذارده است.
از سوی دیگر ایران، پروتکل الحاقی ۲+۹۳ را طبق اظهارنامه مورخ ۲۱ مه ۲۰۰۴ که آن را به آژانس ارائه داد، امضاء نمود. گرچه متن آن هنوز به تصویب مجلس شورای اسلامی نرسیده است، ولی دولت ایران برای اثبات حسن نیت خود تا قبل از ارسال پرونده ایران به شورای امنیت در سال ۲۰۰۶ آن را اجرا می‌کرد، پروتکل مذبور شامل یک مقدمه، ۱۸ ماده و دو ضمیمه است که در سپتامبر ۱۹۹۷ به تصویب شورای حکام آژانس رسیده است و تاکنون حدود ۸۰ کشور آن را امضا و حدود ۶۰ کشور آن را تصویب نموده‌اند. هدف این پروتکل، تقویت نظارت‌های بین‌المللی بر فعالیت‌های هسته‌ای دولت‌های فاقد تسلیحات هسته‌ای است، لذا از مهمترین نکات حقوقی این پروتکل، حق آژانس جهت اطمینان از عدم وجود مواد هسته‌ای و نظارت دقیق بر فعالیت‌های هسته‌ای هر عضوی که آن را پذیرفته است، می‌باشد.

آژانس مجاز است حداقل ۲۴ ساعت قبل و در وضعیت‌های خاص حداقل ۳ ساعت یا کمتر از آن با اطلاع به آن کشور عضو از هر مکان در آن کشور به انتخاب خود آژانس بازرسی نماید. البته مانند ایران تاکنون حدود ۸۰ کشور پروتکل الحاقی را فقط امضاء کرده و از تصویب آن خودداری نموده‌اند. ‌بنابرین‏ ایران تاکنون تمامی اسناد مهم حقوقی مرتبط با انرژی هسته‌ای را پذیرفته است. با این وصف، آیا توجیه حقوقی برای نگرانی از فعالیت‌های هسته‌ای ایران وجود خواهد داشت؟ پاسخ این سؤال را در بخش‌های زیر دنبال می‌کنیم.

۱) تطابق قطعنامه‌های شورای حکام با حقوق بین‌الملل
دولت‌های غربی، خصوصاًً آمریکا قصور ایران در گزارش فعالیت‌های هسته‌ای گذشته خود را به معنای نقض تعهدات ایران در ان.پی.تی به حساب آورده‌اند. اما آیا کوتاه در ارائه اطلاعات به موقع به معنای نقض به شمار می‌آید؟ ممکن است قصور مطرح شده درباره ایران درست باشد، اما آیا میزان قصور ایران چنان زیاد بوده که سبب فرستاده شدن پرونده به شورای امنیت گردد؟ این درحالی است که ما شواهدی از قصور سایر کشورهای عضو ان.پی.تی نظیر کره جنوبی، تایوان و مصر داریم، ولی آژانس چندان اهمیتی ‌به این موارد نداده است. حتی طبق شواهد، کره جنوبی، درخواست آژانس در سال‌های ۲۰۰۲ و ۲۰۰۳ برای کسب اجازه بازرسی از تأسیسات غنی سازی را نپذیرفت و بعدها در گزارش آژانس درباره کره جنوبی مشخص گردید کشور مذبور تا میزان ۷۷ درصد غنی سازی نموده است. درحالی که غنی سازی تا حداکثر غلظت شش درصد مصارف صلح آمیز دارد و از غلظت ۷۵ درصد به بالا برای مصارف نظامی است. پس کشورهای دیگری نیز وجود دارند که خطا کرده‌اند ولی سختگیری نسبت به آن ها مانند ایران نبوده است. همین امر نوعی تبعیض و آپارتاید هسته‌ای و برخورد سیاسی با پرونده ایران را خاطرنشان می‌سازد.^[۷۱]

همچنین در قطعنامه‌های تصویبی آژانس در ارتباط با ایران، تصویب فوری و بی قید و شرط پروتکل الحاقی مطرح شده است. این امر نیز مخالف اصول حقوق بین‌المللی می‌باشد. در واقع اجبار ایران به تصویب فوری پروتکل الحاقی در تعارض با آزادی اراده دولت‌ها در الحاق یا عدم الحاق به معاهدات بین‌الملل یا ارادی بودن پذیرش معاهدات به خصوص طبق ماده ۵۲ عهدنامه ۱۹۶۹ حقوق معاهدات وین می‌باشد. البته ۸۰ کشور این پروتکل را تاکنون پذیرفته‌اند اما در پذیرش و تصویب آن مانند ایران اجباری در کار نبوده است. ایران نیز پروتکل مذبور را پذیرفته است و با امضای پروتکل به نوعی پایبندی به مفاد آن را دارد چرا که طبق حقوق معاهدات، امضای معاهده تا زمان تصویب، دولت‌ها باید از انجام اعمالی که با روح معاهده منافات دارد اجتناب نماید. ایران تنها در سال ۲۰۰۶، پس از اینکه دریافت حسن نیت او در اجرای پروتکل الحاقی هیچ فایده‌ای در عدم ارجاع پرونده به شورای امنیت ندارد تصمیم به تعلیق اجرای این پروتکل نمود. بر این اساس آیا الزام ایران به تصویب پروتکل مذکور موجه است؟ چون ایران با امضای پروتکل الحاقی عزم راسخ را برای پیوستن به موافقت نامه مذبور و اجرای کامل نشان داده است؛ ‌بنابرین‏ از نظر حقوقی، الزام ایران به تصویب پروتکل از سوی آژانس فاقد وجاهت حقوقی می‌باشد. بر این اساس می‌توان گفت قطعنامه‌های آژانس و خواسته‌های آن از ایران از نظر مفهومی و محتوا از چارچوب اختیارات آژانس فراتر رفته است.

همچنین درخواست تعلیق غنی سازی به مدت نامحدود در قطعنامه‌های شورای حکام آژانس به دلیل نگرانی از دستیابی ایران به جنگ افزار‌های هسته‌ای بیان شده است. این درحالی است که تاکنون در بازرسی‌های صورت گرفته توسط بازرسان آژانس هیچ گونه مدرکی دال بر تلاش ایران جهت دستیابی به سلاح و بمب اتم یافت نشده است. اما تردید نسبت به نیت و قصد ایران جهت تولید سلاح‌های هسته‌ای دلیل نگرانی بین‌المللی از فعالیت هسته‌ای آن و در نتیجه تعلیق دائمی غنی سازی را مطرح نموده است. اینکه تنها به دلیل قصد و نیت یک کشور خواهان توقف فعالیت آن شوند از منظر حقوقی قابل قبول نیست، چون در حقوق بین‌الملل ملاک سنجش نیت دولت ها، اعمال و افعال آن ها و نه منویات بدون مدلول است.