دببرخانه مکلف است کلیه مراحل ثبت تقاضا ها و ممیزی مدارک را در سیستم ثبت و پس از تکمیل و تعیین نوبت مراتب را به متقاضی اعلام نماید .(ماده ۶ آیین نامه قانون تعیین تکلیف)

پس از انجام مراحل فوق توسط دبیرخانه دبیر هیات مکلف است از اداره ثبت استعلام نماید و در صورتی که ملک جزء مستثنیات باشد مراتب را به طور کتبی به هیات گزارش کند تا هیات با توجه به آن تصمیم مقتضی را اتخاذ نماید.(تبصره ۲ ماده ۲ قانون تعیین تکلیف)

هیات در صورت احراز تصرفات مالکانه و بلامنازع متقاضی و سایر شرایط تعیین شده در قانون ، پس از کارشناسی و تهیه نقشه کلی ملک و انعکاس قطعه مورد تصرف در آن مبادرت به صدور رأی‌ می کند. هیات در رسیدگی خود باید به مستثنیات قانون توجه داشته باشد و در صورتی که اراضی سابقه ملی یا موات بودن داشته باشد مکلف است نظر وزارتخانه های راه و شهر سازی یا جهاد کشاورزی را استعلام نماید .وزارتخانه های مذکور نیز مکلفند ظرف یک ماه پس از وصول نامه هیات به استعلام پاسخ دهند .در صورت عدم ارسال پاسخ یا پاسخ خلاف واقع متخلف به انفصال موقت از خدمت دولتی به مدت سه ماه تا یک سال و در صورت تکرار به انفصال دائم از خدمت دولتی محکوم می‌گردد. عدم ارسال پاسخ مانع رسیدگی هیات نخواهد شد و هیات بدون توجه ‌به این امر به رسیدگی خود ادامه خواهد داد.

آرای هیات باید به موجب ماده ۳ قانون تعیین تکلیف در دو نوبت به فاصله ۱۵روز از طریق روزنامه کثیرالانتشار و محلی به وسیله اداره ثبت محل آگهی گردد. هم چنین این اداره مکلف است در روستاها علاوه بر انتشار آگهی رأی‌ هیات را با حضور نماینده شورای اسلامی روستا در محل الصاق نماید .در صورتی که اشخاص ذی نفع به آرای اعلام شده اعتراضی داشته باشند از تاریخ انتشار و الصاق آگهی در محل تا دو ماه اعتراض خود را به اداره ثبت محل وقوع ملک تسلیم و رسید اخذ نمایند. معترض باید ظرف یک ماه از تاریخ تسلیم اعتراض مبادرت به تقدیم دادخواست به دادگاه عمومی محل نماید و گواهی آن را به اداره ثبت محل تحویل دهد .در این صورت اقدامات ثبت موکول به صدور حکم قطعی از دادگاه خواهد بود.در صورتی که اعتراض در مهلت قانونی واصل نگردد یا معترض ، گواهی تقدیم دادخواست به دادگاه عمومی محل را ارائه نکند ، اداره ثبت محل باید مبادرت به صدور سند مالکیت نماید .صدور سند مالکیت مانع از مراجعه متضرر به دادگاه نخواهد بود و معترض می‌تواند به ادعای اینکه سند مالکیت بر خلاف قانون صادر شده است در دادگاه عمومی دادخواهی کند اعتراض و دادخواهی مذبور باید با تقدیم دادخواست باشد.(ماده ۲و صدر ماده ۴۸ قانون آیین دادرسی مدنی).^[۹۵]

هیات حل اختلاف موضوع مواد ۱۴۷و ۱۴۸ قانون ثبت پس از کارشناسی ملک توسط کارشناسان اداره ثبت اسناد و یا هیات کارشناسی ، که منجر به تعیین موقعیت ملک مورد تقاضا در کل پلاک ثبتی می‌گردد ؛ بعلاوه یکی از نمایندگان اداره ثبت نظر کارشناس و سه نفر نیز به عنوان گواه تصرف متقاضی را مورد تأیید قرار می‌دهند اقدام می کند .پس از طی مراحل فوق که از ثبت نام متقاضی و در نوبت قرار گرفتن و در نظر گرفتن پلاک فرعی برای ملک مورد تقاضا شروع شده و به کارشناسی ملک و تأیید نماینده ثبت خاتمه پیدا می‌کند ، پرونده آماده صدور رأی‌ می‌باشد.در این زمان نحوه رسیدگی هیات با توجه به وضعیت ملک متقاضی متفاوت خواهد بود:

الف- چنانچه ملک سابقه ثبت نداشته باشد و متقاضی به عنوان مالک متصرف است و هیات به موضوع رسیدگی و نظر خود را جهت تنظیم اظهارنامه به واحد ثبتی ابلاغ کند .اداره ثبت مکلف است پس از تنظیم اظهارنامه مراتب را ضمن اولین آگهی نوبتی موضوع ماده ۵۹ آیین نامه قانون ثبت به اطلاع اداره ثبت برساند. تحدید حدود این قبیل املاک با درخواست متقاضی به صورت تحدید حدود اختصاصی انجام می شود .(اگر ملک در جریان ثبت باشد و سابقه تحدید حدود نداشته باشد واحد ثبتی طبق قسمت اخیر اقدام خواهد نمود.) ( تبصره ۴و۵ ماده ۲ قانون اصلاح مواد ۱و۲و۳)

ب – در صورتی که ملک قبلاً ثبت دفتر املاک شده و طبق مقررات این قانون یا رأی‌ هیات می بایست سند مالکیت به نام متصرف صادر گردد، مراتب در ملاحظات دفتر املاک قید و در دفتر املاک جاری به نام متصرف حسب مورد ثبت خواهد شد.(تبصره ۶ ماده ۲ قانون اصلاح مواد ۱و۲و۳)

ج – در صورتی که نسبت به ملک مورد تقاضا اعتراضی اعم از اعتراض به اصل یا تحدید حدود واصل یا سند معارض صادر شده باشد رسیدگی به تقاضا منوط به تعیین تکلیف نهایی در مرجع صالح است . چنانچه موضوع اعتراض منطبق با ماده واحده قانون تعیین تکلیف پروندهای معترضین ثبتی که فاقد سابقه بوده و یا اعتراض آن ها در مراجع قضایی از بین رفته مصوب ۲۵/۵/۱۳۷۳ باشد مطابق قانون مذبور و آیین نامه اصلاحی قانون ثبت مصوب ۱۸/۱۱/۱۳۸۰ عمل خواهد شد.(ماده ۲ قانون تعیین تکلیف پروندهای معترضی ثبتی که فاقد سابقه بوده و یا اعتراض آن ها در مراجع قضایی از بین رفته است)

به موجب تبصره ۱ماده ۱۴۸ اصلاحی قانون ثبت ، ‌هیات‌ها مکلف شده اند که حداکثر ظرف سه سال از تاریخ ارجاع رأی‌ خود را صادر نمایند .هم چنین طبق ماده ۱۷ آیین نامه اجرایی که مقرر می‌دارد :آرای صادره از هیات با دو رأی‌ موافق معتبر و لازم الاجراست . نکته قابل توجه این که ماده ۱۹ آیین نامه اجرایی نیز مقرر داشته هرگاه رأی‌ صادره به اتفاق آرا نباشد ، دبیر هیات باید نظر اقلیت را نیز به طور مشروح در دفتر آرا ذیل رأی‌ اکثریت ثبت نماید .پس از انجام این امور رأی‌ صادره توسط دبیر هیات به واحد ثبتی ارسال و سوابق امر در دبیرخانه هیات ضبط می‌گردد.